Вірусныя зоанозныя захворванні аказалі сур'ёзны ўплыў на здароўе чалавека за апошняе стагоддзе. Яркімі прыкладамі з'яўляюцца іспанскі грып 1918, СНІД, атыповая пнеўманія, ліхаманка Эбола і цяперашні каранавірус. Паводле ацэнак, існуе 3 х 105 відаў вірусаў млекакормячых, ад якіх могуць узнікаць інфекцыйныя захворванні чалавека. У наш час з іх вядомая толькі малая частка.
Для паляпшэння прагназавання і прадухілення будучых эпідэмій трэба сачыць за разнастайнасцю вірусаў. Гэтым займаюцца міжнародныя кансорцыумы і сотні даследчых лабараторый.
Піянерскія працы па пашырэнні вірому Зямлі выявілі тысячы новых вірусаў, пры гэтым хуткасць выяўлення вірусаў расце экспанентна і шмат у чым абумоўлена павелічэннем даступнасці высокапрадукцыйнага секвеніравання. Але аналіз паслядоўнасцяў і прагназаванне застаюцца дарагімі.
Петабазы дадзеных секвеніравання знаходзяцца ў вольным доступе ў агульнадаступных рэсурсах, такіх як Sequence Read Archive (SRA). Агульнадаступныя базы дадзеных утрымоўваюць велізарную калекцыю вірусаў, але іх вельмі складана вывучаць, таму што няма эфектыўных метадаў пошуку ў гэтай вялізнай «бібліятэцы». Часта вірусныя нуклеінавыя кіслоты ў гэтых базах выяўляюцца навукоўцамі выпадкова, падчас іншых даследаванняў. Каб можна было выяўляць менавіта вірусы, міжнародная каманда вучоных разам з Цэнтрам біяінфарматыкі і алгарытмічнай біятэхналогіі СПБДУ, Інстытутам Пастэра, Універсітэтам Брытанскай Калумбіі, Каліфарнійскім універсітэтам у Берклі, Гейдэльбергскім інстытутам тэарэтычных даследаванняў і іншых даследчыкаў па ўсім свеце.
Serratus – гэта бясплатная інфраструктура хмарных вылічэнняў з адкрытым зыходным кодам, якая выкарыстоўвае 5700000 экалагічна разнастайных бібліятэк секвенирования, або 10,2 петабайт дадзеных. Гэтая пошукавая прастора ахоплівае дадзеныя, сабраныя за 13 гадоў з усіх кантынентаў і акіянаў і ўсіх царстваў жыцця.
З моманту завяршэння стварэння геному чалавека базы дадзеных секвеніравання ДНК растуць вельмі хутка. Serratus забяспечвае хуткі і мэтанакіраваны доступ да геномных паслядоўнасцяў. Гэтая праца і далейшыя пашырэнні геномікі ў маштабе петабазу фармуюць новую эру ў вылічальнай біялогіі, дазваляючы адкрываць шырокія гены, назіраць за патагенамі і праводзіць пангеномны эвалюцыйны аналіз. Аптымальнае пераўтварэнне такіх масіўных набораў даных у значныя біямедыцынскія дасягненні патрабуе свабоднага і адкрытага супрацоўніцтва паміж вучонымі. Цяперашняя пандэмія падкрэслівае неабходнасць аператыўнага, неабмежаванага і празрыстага абмену дадзенымі.
Інавацыйныя вобласці, такія як высокапрадукцыйная віроміка, могуць выкарыстоўваць шырокія наборы вірусных паслядоўнасцяў для інфармавання палітык, якія прадказваюць і змякчаюць якія ўзнікаюць пандэміі. Спалучэнне экаінфарматыкі з метададзенымі аб вірусах, хастах і геачасовымі дадзенымі прапануе доказ канцэпцыі глабальнай сеткі назірання за патагенамі, якая ўзнікае як пабочны прадукт цэнтралізаванага і адкрытага абмену дадзенымі. Рост чалавечай папуляцыі і ўварванне ў месцы пасялення жывёл збліжаюць усё больш відаў, што прыводзіць да павелічэння ўзроўню заанозаў і паскарае масавае выміранне ў антрапацэны. Serratus дазваляе чалавецтву весці пошук усёй генетычнай разнастайнасці нашай планеты. Сёння інвестыцыі ў збор і захоўванне біялагічна разнастайных узораў з упорам на геаграфічна недапрадстаўленыя рэгіёны - гэта адна з важных задач, калі не для захавання знікаючых відаў.
Выкарыстаны матэрыялы, апублікаваныя ў часопісе Nature
bbabo.Net