Paul Givan avgick efter att en av hans ministrar försökte blockera inspektionen av varor som anländer från andra delar av Storbritannien.
Nordirlands första minister har avgått eftersom spänningar över Storbritanniens utträde ur EU utlöste en ny politisk kris i regionen.
Paul Givan klev åt sidan på torsdagen efter att en av hans ministrar försökt blockera inspektionen av varor som kommer från andra delar av Storbritannien – ett drag som bryter mot Brexit-avtalet mellan Storbritannien och EU.
"Idag markerar slutet på det som har varit privilegiet i min livstid", sa Givan, som tillbringade mindre än ett år som chefsminister i regionens decentraliserade regering, på en presskonferens.
Brexitavtalet rasar Nordirland återigen på grund av oenighet om språk som är utformat för att hålla handeln flytande på ön Irland.
Enligt det så kallade Nordirlandsprotokollet gick Storbritannien med på att inspektera vissa varor som kommer in i Nordirland från England, Skottland och Wales. Det retade många i Nordirland eftersom det skapar en barriär mellan regionen och andra delar av Storbritannien.
"Våra institutioner testas ännu en gång", sa Givan när han sa upp sig. De har "påverkats av avtalet från Storbritanniens regering och Europeiska unionen, som skapade Nordirlandsprotokollet."
Nordirland styrs av en maktdelningschef skapad av avtal som avslutade årtionden av sekteristiska konflikter i regionen.
'Extremt nedslående'
Givan var en representant för det största väljarpartiet som vill behålla nära band till Storbritannien, det demokratiska unionistpartiet. Han delade makten med Michelle O’Neill, den vice förste ministern som representerar Sinn Fein, som försöker stärka banden till Irland.Sinn Feins ledare Mary Lou McDonald kallade omedelbart till nyval för den nordirländska församlingen. Val är planerade att hållas i maj.
"Vi kan inte gå vidare under de kommande månaderna utan en fungerande chef, och Sinn Fein kommer inte att underlätta detta," sa McDonald. Opinionsmätningar tyder på att Sinn Fein kommer att passera DUP för att bli Nordirlands största parti för första gången.
Brandon Lewis, den brittiska regeringens Nordirlands sekreterare beskrev Givans beslut som "extremt nedslående".
Nordirlands jordbruksminister Edwin Poots, en medlem av DUP, antände krisen på onsdagen när han beordrade sin personal att stoppa inspektionerna och sa att de inte hade godkänts av regionens maktdelande regering.
Republiken Irlands utrikesminister, Simon Coveney, sa att Poots beslut var "effektivt ett brott mot internationell rätt" eftersom protokollet är en del av ett internationellt fördrag. Republiken är en EU-medlem, och Nordirlands gräns är blockets enda landgräns mot Storbritannien.
"Att medvetet omintetgöra skyldigheter enligt det fördraget skulle verkligen vara en mycket allvarlig fråga", sa Coveney till irländska lagstiftare sent på onsdagen. "Det är i grunden att spela politik med juridiska skyldigheter."
Storbritanniens utrikesminister Liz Truss skulle hålla ett virtuellt möte senare på torsdagen med Maros Sefcovic, EU:s chefsförhandlare i brexitfrågor, då de två sidorna försöker lösa meningsskiljaktigheter om genomförandet av protokollet. Premiärminister Boris Johnson, som förhandlade fram brexitavtalet, har krävt att protokollet ska omförhandlas.
Mairead McGuinness, den irländska politikern som fungerar som EU-kommissionären för finansiella tjänster, berättade för den irländska TV-kanalen RTE att hon också planerade att prata med Truss och Sefcovic senare på torsdagen.
"Det är väldigt ohjälpsamt", sa hon. "Vi arbetar outtröttligt med Storbritannien för att hitta lösningar."
bbabo.Net