Уже місяць у пробах, які доставляються до НДІ дезінфектології Росспоживнагляду з усіх регіонів Росії, спостерігається однакове співвідношення штамів «дельта» та «омікрон». Про це розповіла головний науковий співробітник НДІ дезінфектології Росспоживнагляду, член-кореспондент РАН Олена Ільїна. Вона пояснила, чому киснедотерапія сприяє розвитку госпітальної пневмонії та оцінила ефективність препаратів від COVID-19. — Олено Миколаївно, ви працюєте в НДІ дезінфектології Росспоживнагляду та займаєтеся прочитанням геномів коронавірусів, які циркулюють на даний момент. Скільки зараз секвенується зразків вірусу на тиждень, місяць?

Тому не можна сказати, що Росією «йде хвиля». Це, швидше, загальний спалах, з усіх боків приблизно однаковий. Я очікувала побачити якусь різницю між Москвою та віддаленими регіонами, але виявилося, що її немає.

— Як змінюється співвідношення кількості зразків з «омікроном» і «дельтою», якщо взяти півтора місяці?

— Коли ми вирушали на новорічні канікули, у нас була повсюдна «дельта». Коли ми повернулися з новорічних канікул, побачили повсюдне домінування «омікрону». Але дельта не пішла повністю, вона залишилася. І співвідношення між «дельтою» та «омікроном» приблизно однакове у всіх регіонах упродовж цілого місяця після новорічних канікул.

— Виходить, омікрон не витісняє дельту?

- До кінця він її не витіснив. Ми бачимо приблизно 70%-80% "омікрону" і приблизно 20% "дельти". Вже місяць співвідношення «омікрону» та «дельти» у популяції залишається однаковим. Не можна сказати, що «дельта» йде.

— Скільки відсеквенованих вами «омікронів» належить лінії ВА.1?

- Приблизно 95%. І 5% – це друга лінія. Третю ми не знаходили.

— І кількість «омікронів» другої лінії теж залишається однаковою? Не можна зробити висновок, що ВА.2-омікрон більш заразний?

— Поки що не можна. Ми бачимо генетичні відмінності, але присутність BA.2 не зростає. І в клініці друга лінія особливо не відрізняється.

— Якийсь час тому була публікація кіпрських учених, які виявили рекомбінант «дельтакрон». Ви спостерігали таких мутантів?

— Справді, така публікація була, але невдовзі після її виходу з'явилися коментарі, що це могла бути контамінація (забруднення). Оскільки ми спостерігаємо одночасну циркуляцію «омікрону» та «дельти», я думаю, що вчені справді могли прийняти змішану популяцію за рекомбінант.

«Омікрон» та «дельта» відстоять один від одного досить далеко. За своїм походженням це паралельні лінії.

З урахуванням того, що з'явилася лише одна наукова публікація і більше питання існування «дельтакрону» не порушувалося, швидше за все, це помилка.

- Ви отримуєте віруси для секвенування з мазків?

- Так, виключно назофарингеальні мазки. Вони збираються у різних регіонах Росії від пацієнтів. Потім на місці їх тестують, відповідаючи на запитання: чи ці мазки дійсно містять цільовий вірус — у цьому випадку коронавірус? Потім вже спроби доставляють нам спеціальними транспортними компаніями для поглибленого тестування.

— Скільки проб міститься в секвенаторі, якщо мати на увазі одну партію? Скільки часу відбувається секвенування?

— Як правило, ми завантажуємо близько 400–600 проб щодня. Оскільки у нас досить потужний секвенатор PromethION Oxford Nanopore, ми працюємо на третьому поколінні, то ці 600 зразків читає годин 8–9. Вночі читає, вранці знімаємо, і наступне завантаження. У ньому 24 осередки, у кожну вміщається по 96 зразків.

— Ви їх секвенуєте, а що далі?

— Далі ми всі геномні сіквенси закладаємо до російської бази VGARus. Вона функціонує в Росспоживнагляді з червня 2021 року. Ця база постійно заповнюється, її дані можна аналізувати, дивитися якісь закономірності щодо мінливості вірусу. Туди ж підвантажуються дані щодо пацієнтів.

— Ви вивчали мікробіоми, тому вас особливо хочеться розпитати про пневмонію, яка часто слідує за зараженням SARS-CoV-2. Одні лікарі кажуть, що за COVID-19 нерідко до вірусної приєднується бактеріальна пневмонія. Інші лікарі навпаки вважають, що приєднання такого роду відбувається не часто і тому не прописують антибіотики. Що ви спостерігаєте?

— Варто розрізняти вірусний пневмоніт (або альвеоліт) і пневмонію — запалення, викликане бактеріальною інфекцією. У важких випадках бактеріальна інфекція приєднується до цього самого пневмоніту або альвеоліту. Тобто та пневмонія, яка є ускладненням коронавірусної інфекції – це вже не вірусна пневмонія. Вона завжди бактеріальна.

— А які бактерії зазвичай приєднуються?— Ті самі бактерії, які традиційно викликають госпітальну пневмонію. Цей список у всьому світі приблизно однаковий. Це, як правило, Acinetobacter - різні, переважно Acinetobacter baumannii, синьогнійна паличка, Pseudomonas aeruginosa, це Klebsiella pneumoniae, стафілококи. Більшість цих збудників походять від ґрунтових бактерій, від яких вони зберегли здатність виживати в місцях загального користування, на унітазах, раковинах, інших поверхнях. Часто до приєднання бактеріальної госпітальної інфекції сприяє киснедотерапія.

- Чому це відбувається?

— Як тільки ви включаєте будь-яку примусову вентиляцію легень, а подача кисню – це примусова вентиляція, ви сприяєте обміну бактеріальною флорою між верхніми та нижніми дихальними шляхами.

У роті та носі людини завжди багато бактерій. Але слизова оболонка виконує бар'єрну функцію, вона абсорбує на себе мікроорганізми в нормальному стані. При використанні киснедотерапії ви хоч-не-хоч потоком повітря заносите бактерії і носа, і рота в трахею і легені.

— Як швидко коронавіруси виробляють стійкість до препаратів на основі моноклональних антитіл?

— Це препарати спрямованої дії. У цьому їхній плюс і мінус. Моноклональні антитіла підбираються до певного типу вірусу. І тому зовсім не факт, що моноклональні антитіла, які чудово працюють, наприклад, проти штаму «дельта», працюватимуть проти «омікрону». Проблема моноклональних антитіл саме в цьому вони дуже специфічні.

bbabo.Net