Vi hörde första gången om omicron-stammen i slutet av november 2021, när de första sekvenserna av SARS-CoV-2-koronavirusgenomet som erhölls genom att sekvensera prover från patienter från Sydafrika och Botswana laddades upp till den internationella GISAID-databasen. De uppmärksammades av forskare med ett mycket stort antal mutationer, särskilt i spikeproteingenen, och redan då misstänkte de att en sådan variant av viruset kunde ha några speciella egenskaper.
Vi har tidigare upptäckt åtminstone en bråkdel av omikronmutationer i andra signifikanta stammar - samma "alfa", "beta" eller "delta", men vi har aldrig sett så många av dem samtidigt i ett genom, och från dessa obehagliga förutsägelser följdes angående en eventuell ökad överföringsförmåga av viruset, samt förmågan att kringgå immunförsvaret. Faktum är att antalet nedladdade omikrongenomsekvenser i den internationella databasen växte mycket snabbt, liksom antalet fall i Sydafrika, och strax efter det började det hittas i andra länder, och nästan ersatte deltavarianten i de flesta regioner av planet. De länder som hade en aktiv flygförbindelse med länderna i Sydafrika, till exempel Storbritannien, drabbades av det första slaget. Men de har också den första började minska i förekomsten. Det senare gjorde det möjligt för andra länder att förutsäga den epidemiologiska situationen på sina territorier. Men på ett eller annat sätt, nu är "omicron" allestädes närvarande, även om det inte är ett faktum att det helt kommer att förskjuta "delta" på grund av försvagad korsimmunitet.
Den nya stammen visade sig faktiskt vara mycket mer smittsam än alla tidigare stammar, och dessutom kunde den delvis kringgå immunförsvaret hos både de som tidigare varit sjuka och de vaccinerade, särskilt de som var sjuka eller vaccinerat för länge sedan./i
Det är dock fortfarande värt att göra en reservation här. Det ofta citerade milda sjukdomsförloppet när det är infekterat med "omicron" är inte nödvändigtvis bara en egenskap hos den nyaste stammen. Faktum är att i de flesta länder i världen stora majoriteten av befolkningen redan vaccinerats på ett eller annat sätt. Någonstans uppnåddes detta med hjälp av ett aktivt vaccinationsprogram, någonstans, som till exempel i Sydafrika, var andelen sjuka mycket hög (enligt inofficiella uppgifter upp till 80-90 % av landets befolkning var sjuka), men i allmänhet har många redan varit sjuka och har blivit vaccinerade, och dessa har nu det starkaste skyddet mot viruset. Om "omicron" hade dykt upp 2020, skulle konsekvenserna kunna likna filmer från en skräckfilm. Därför visar sig den sanna dödligheten hos denna stam helt enkelt inte längre - miljön har förändrats.
Det är också värt att notera att ökningen av antalet barnsjukhusinläggningar runt om i världen nu kan bero på att denna grupp för det mesta inte var vaccinerad och dessutom var barnen delvis immuna mot andra stammar, åtminstone viruset var mycket mer komplicerade än dem. Därför var det denna grupp som förblev en av de mest försvarslösa mot "omicron". I allmänhet ett levande exempel på fördelarna med vaccination.
Låt mig samtidigt påminna dig om att före "omicron" rasade "delta" med makt och kraft, vilket orsakade ökningar av sjuklighet och dödsfall över hela världen. I Indien, i maj 2021, upptäcktes upp till 400 tusen nya patienter officiellt dagligen, och situationen på sjukhusen var helt enkelt katastrofal. Nu i Indien, på "omicron", även om siffrorna för sjuka och dödliga utfall är höga, är de fortfarande betydligt lägre än i "delta", vilket också visar en ökning av andelen immunlager bland befolkningen och en viss övergång av pandemin till status som endemisk. Det är bara att någonstans uppnåddes detta med hjälp av vaccination, och någonstans - till en hög kostnad för människors hälsa och liv. Och ofta, åtminstone i utvecklade länder som har sina egna vacciner, var det befolkningen som valde sin egen väg för att få skydd mot viruset.
Vad gäller de olika delvarianterna var samma "delta" uppdelat i ett stort antal dellinjer, som dock inte skilde sig mycket från varandra i egenskaper, och sällan började den ena överträffa de andra. Men samtidigt skedde en stratifiering av många deltalinjer till enskilda länder. Och några, inklusive Ryssland, hade sina egna dominerande underlinjer. Många trodde också att "delta" skulle bli den sista grenen av utvecklingen av coronaviruset och då skulle vi bara se några mindre förbättringar av patogenen. Men viruset bedrog oss igen och dök upp i en ny skepnad av "omicron".Den nu dominerande stammen av denna stam, känd som BA.1, är ansvarig för det överväldigande antalet bekräftade nya fall av coronavirus världen över. Den 31 januari 2022 stod BA.1 för 96,4 % av sekvenserna som laddades upp till GISAID, enligt WHO. En annan undervariant känd som BA.2, som skiljer sig från BA.1 med ett par dussin mutationer, har dock redan börjat ersätta den i vissa regioner. Samtidigt tror vissa experter, och med rätta, att BA.2 inte är en ättling till BA.1, utan snarare någon oberoende gren som, som de säger, kan komma från samma patient i Sydafrika, som födde barn. till "omicron", även om frågan om ursprunget till den senare förblir öppen. Därför kallas BA.2 ofta inte som en dotter, utan som en "syster" underlinje till BA.1. Distributionen av BA.2 övervakas nu noga i många länder, inklusive Danmark, Indien och Nepal, där denna linje har blivit dominerande, och därför känner vi till några av sublinjens unika egenskaper.
BA.2 har också kallats "osynlig" eftersom det saknar en genetisk deletion av två aminosyror i spikeproteinet, den del av viruset som hjälper det att komma in i mänskliga celler. Egentligen användes denna mutation av många utländska PCR-tester för att detektera Omicron-stammen, vilket skiljer den från Delta. Och sedan visade det sig att, så att säga, "omicron", men det finns ingen radering, och därför missade testerna. Det är värt att säga att sekvensering av virusgenomet garanteras att detektera alla förändringar i patogenens nukleotidsekvens, och i det här fallet är fel praktiskt taget uteslutna. Dessutom har man hittills inte hittat någon skillnad i svårighetsgraden av sjukdomsförloppet orsakat av de två omicron-subvarianterna. Och en separat öppen fråga är om det är möjligt att bli smittad med BA.2 efter BA.1, och vice versa. Hittills har inga sådana fall dokumenterats.
Men BA.2:s ökade överföringsförmåga innebär att den kan bli den dominerande stammen över hela världen, men den kan också försvinna om den förskjuts av en annan variant eller ställs inför effektiva motåtgärder.
Av denna anledning har arbetet med studierna av det nya coronavirusets genom intensifierats avsevärt för tillfället, och antalet nedladdade genomiska sekvenser i VGARus-databasen växer snabbt och uppgår nu till nästan 90 000 poster, varav en tredjedel kommer att vara 2022. Nu finns det mer än 14 tusen sekvenser av "omicron" i databasen, varav BA.2 är cirka 500. Fall av infektion med den tredje raden av "omicron" BA.3, som också har sina egna skillnader och är inte allmänt används i världen, har inte noterats i Ryska federationen.
bbabo.Net